Niskanen dukkede først op på verdensmesterskabet i Junior i 2010 i Hinterzarten . Over 10 km klassisk nåede han 7. pladsen. I sæsonen 2010/11 deltog han i den skandinaviske cup , hvor han kun opnåede placeringer på midtbanen. Ikke desto mindre fik han sin verdensmesterskabsdebut i Lahti i slutningen af sæsonen . Han måtte afslutte 20 km skiathlon løb for tidligt, fordi det blev skudt. En dag senere blev han 66. i sprinten. Ved junior-verdensmesterskabet i 2011 i Otepää vandt han bronze med stafetten.
I sæsonen 2011/12 deltog han i nogle løb i Scandinavian Cup og junior løb. Ved junior-verdensmesterskabet 2012 i Erzurum blev han fjerde over 10 km klassiker. Niskanen deltog i det finske juniormesterskab og vandt to guld og et sølv. I begyndelsen af sæsonen 2012/13 var 40. plads over 15 km hans bedste resultat. Deltagelse i Scandinavian Cup og nationale mesterskaber fulgte. Han vandt guld to gange ved det finske juniormesterskab i 2013.
I sæsonen 2013/14 konkurrerede Niskanen først i den skandinaviske cup. I januar 2014 vandt han sølv i sprinten ved det finske mesterskab i langrend. I slutningen af januar vandt han guld over 15 km klassisk ved U23 verdensmesterskabet i Val di Fiemme . Han fik derefter lov til at deltage i verdensmesterskabet igen i begyndelsen af februar og opnåede ottende plads på den klassiske måde over 15 km i Toblach og dermed verdensmesterskabspoint for første gang. På grund af disse gode resultater blev han nomineret til det finske olympiske hold. Ved de olympiske lege i 2014 i Sotji sluttede han fjerde over 15 km klassisk og gik glip af en medalje med 0,2 sekunder. På holdsprinten vandt han guld sammen med Sami Jauhojärvi . I starten af 2014/15-sæsonen i Ruka opnåede han sin første klassiske verdensmesterskabssejr over 15 km. Placeringer i midtbanen fulgte. Han sluttede Tour de Ski 2015 for tidligt. Ved verdensmesterskabet i Falun i 2015 kom han på 26. plads i skiathlon og ottende i stafetten. I U23-klassifikationen nåede han fjerdepladsen. I begyndelsen af 2015/16 sæsonen blev han 27. ved den nordiske åbning i Ruka . Hans bedste placering af sæsonen i verdensmesterskabet var 12. i 50 km massestart-løbet i Oslo . I begyndelsen af april 2016 var han på det finske mesterskab i Taivalvaara over 7,5 km klassisk og nummer to i forfølgelsesløbet. En uge senere blev han finsk mester over 50 km i Ruka.
Ved den første verdensmesterskab i sæsonen 2016/17 i Ruka fik Niskanen sin anden klassiske verdensmesterskabssejr over 15 km. Dette blev efterfulgt af en tiende plads i verdensmesterturneringen i Lillehammer . I januar 2017 vandt han sit første klassiske skandinaviske cupløb i Lahti over 15 km. Den følgende måned blev han andenplads i 15 km klassikeren ved verdensmesterskabet i Otepää . På sæsonens højdepunkt, verdensmesterskabet i 2017 i Lahti, vandt han bronzemedaljen sammen med Sami Jauhojärvi i holdsprinten og guldmedaljen over 15 km klassisk. Derudover opnåede han femtepladsen med stafetten. I slutningen af sæsonen sluttede han som nummer to i 50 km massestartløb i Oslo og kom 14. i det samlede verdensmesterskab og fjerde i verdensmesterskabet i afstand. I begyndelsen af sæsonen 2017/18 sluttede han som sjette i Ruka Triple . Han blev tredje over 15 km klassiker. Dette blev efterfulgt af syv top ti placeringer, inklusive tredjepladsen i Lahti over 15 km klassisk og nåede dermed 15. pladsen i den samlede verdensmesterskab og 13. pladsen i Distance verdensmesterskabet. Ved vinter-OL 2018 i Pyeongchang vandt han guldmedalje over 50 km i klassisk stil. I april 2018 blev han finsk mester over 50 km klassisk i Taivalvaara .
Efter at have havnet syvende i Lillehammer Triple i starten af sæsonen 2018/19 vandt Niskanen den skandinaviske cup i Vuokatti og verdensmesterskabet i Otepää, hver over 15 km klassisk. Han opnåede også tredjepladsen i Lahti sammen med Ristomatti Hakola i holdsprinten og i Cogne andenpladsen over 15 km klassisk og nåede dermed 20. pladsen i den samlede verdensmesterskab og 13. pladsen i verdensmesterskabet for afstand. Ved sæsonens højdepunkt, verdensmesterskabet i 2019 i Seefeld i Tirol , vandt han bronzemedaljen som forsvarende mester over 15 kilometer i den klassiske teknik bag nordmanden Martin Johnsrud Sundby og den russiske Alexander Bessmertnych , efter at han lige manglede en medalje fire dage tidligere i skiathlon i fjerde ville have. Ved det finske mesterskab i Äänekoski og Ylitornio sejrede han over 15 km klassisk i forfølgelsesløbet over 15 km freestyle og over 50 km freestyle. I begyndelsen af 2019/20 sæsonen tog han tredjepladsen i Ruka Triple. Han vandt den klassiske 15 km. Han sluttede Tour de Ski 2019/20 med tre top ti finish, inklusive tredjepladsen i forfølgelsen i Dobbiaco , på tiende plads. Dette blev efterfulgt af andenpladsen over 15 km freestyle i Nové Město og i forfølgelsen i Trondheim på skituren 2020, som han sluttede på ottende plads. I slutningen af sæsonen vandt han den klassiske 15 km i Lahti og opnåede til sidst sjettepladsen i det samlede verdensmesterskab og tredjepladsen i verdensmesterskabet i afstand. I den følgende sæson kom han med fire top ti finish, inklusive femtepladsen i Ruka Triple, 23. pladsen i den samlede verdensmesterskab. Derudover blev han anden med stafetten i Lahti og hver gang finsk mester over 15 km freestyle, 15 km classic og 50 km freestyle. Ved det nordiske verdensmesterskiløb i Oberstdorf i 2021 sluttede han 18. i 15 km freestyle, 13. plads i skiathlon og sjette plads i 50 km massestartløb og med stafetten.