Euryarchaeota
Euryarchaeota | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
Halobacterium sp. | ||||||
Systematik | ||||||
| ||||||
Videnskabeligt navn | ||||||
Euryarchaeota | ||||||
Woese & Kandler & Wheelis , 1990 | ||||||
Klasser | ||||||
(se tekst) |
Den Euryarchaeota (fra det græske euryos, sort) er en division i Archaea (Archaea).
Euryarchaeota er kendetegnet ved det store antal grupper, der er ekstremofile og er tilpasset ekstremt ugunstige levesteder. Dette omfatter både meget varmeglade archaea ( hypertermofiler ), syrekærlige ( acidofile termoplasmaer ) og saltglade grupper ( halofiler ) -som også kan være anaerobe -og metanproducerende grupper ( methanogener ). En anden stor gruppe inden for Euryarchaeota er de marine Euryarchaeota, der lever i havet.
Systematik
Den i øjeblikket accepterede nomenklatur er baseret på listen over prokaryote navne med Standing in Nomenclature (LPSN) og fra NCBI ( National Center for Biotechnology Information ), baseret på analyse af 16S rRNA .
-
Archaeoglobi Garrity & Holt 2002
- Arkæoglobaler
- Archaeoglobaceae
- Halobacteria Grant et al. 2002
-
Methanobacteria Boone 2002
- Methanobacteriales Bach & Wolfe 1981
-
Methanococci Boone 2002
- Methanococcales
- " Methanofastidiosa " Nobu et al. 2016
- " Methanoliparia " Borrel et al. 2019
- " Methanomicrobia " Garrity et al. 2003
- Methanocellales
- Methanomicrobiales
- Methanosarcinales
- " Methanonatronarchaeia " Sorokin et al. 2017
-
Methanopyri Garrity & Holt 2002
- Methanopyrales
- Methanopyraceae
- Methanopyrales
- “ Thalassoarchaea ” Martin-Cuadrado et al. 2015
- Thermococci Zillig & Reysenbach 2002
- Thermoplasmata Reysenbach 2002
- ikke tildelt en klasse
- " Altiarchaeales " Probst et al. 2014 (hos NCBI til DPANN )
- andre slægter, ikke tildelt nogen ordre eller familie ...
Forslag, der ikke er tildelt på LPSN, men administreret af NCBI under Euryarchaeota:
- " Hadesarchaea " Baker et al. 2015
- " Theionarchaea " Lazar et al. 2017 (delvist foreskrevet som Theinoarchaea)
Cladogram:
Euryarchaeota |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Bemærk:
♠ Taxon kun hos NCBI, ikke på LPSN. Hadesarchaea er alternativt opført som en uafhængig phylum Hadesarchaeota. Nanohaloarchaea er alternativt tildelt som Nanohaloarchaeota for den arkæiske supergruppe DPANN , en søstertaxon for Euryarchaeota.
Euryarchaeota -kladogram ifølge Spang et al. (2017)
Euryarchaeota |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Et antal grupper, der tidligere var tildelt Euryarchaeota, er blevet flyttet til Archaean Superphylum DPANN ifølge nyere fund :
- Micrarchaeota - Diapherotrites -gruppe, tidligere MEG -klynge
- Aenigmarchaeota , tidligere DSEG -klynge
- Woesearchaeota - Pacearchaeota -gruppe, tidligere DHVEG -6 -klynge
Bemærk: Klassificering af marine archaea
Marine archaa kan klassificeres som følger:
- Marine Group I (MG-I eller MGI): marine Thaumarchaeota med undergrupper Ia (alias Ia) til Id
-
Marine gruppe II (MG-II): marine Euryarchaeota, ordre Poseidoniales (alias Poseidoniia / Thalassoarchaea) med undergrupper IIa til IId (IIa svarer til Poseidoniaceae , IIb svarer til Thalassarchaceae )
Vira, der parasiterer MGII, kaldes Magroviruses . - Marine Group III (MG-III): alias Marine Benthic Group D (MBG-D), også marine Euryarchaeota
- Marine Group IV (MG-IV): også marine Euryarchaeota
- Undinarchaeales (engelske marine MAG'er ) - MHVG ( Marine Hydrothermal Vent Group ): til Undinarchaeota ( DPANN )
Weblinks
- Euryarchaeota , websted for Institute for Microbiology and Molecular Biology ved University of Giessen. Memento i webarkivet fra 27. september 2007.
- Springer Link Encyclopedia of Astrobiology
- Spektrum.de Lexicon of Biology
- Alon Philosof, Natalya Yutin, José Flores-Uribe, Itai Sharon, Eugene V. Koonin, Oded Béjà: Novel Abundant Oceanic Viruses of Uncultured Marine Group II Euryarchaeota , in: Curr Biol. 27 (9) af 8. maj 2017, s. 1362–1368, doi: 10.1016 / j.cub.2017.03.052 , PMC 5434244 (fri fuld tekst), PMID 28457865 - den marine gruppe I (MG -I ) betegner derimod marine arkæer i Thaumarchaeota , se også bakteriofager§Magrovira
Individuelle beviser
- ^ Dimitry Y. Sorokin, Enzo Messina, Violetta La Cono, Manuel Ferrer, Sergio Ciordia, Maria C. Mena, et al . : Svovlåndning i en gruppe af fakultativt anaerob natronoarchaea allestedsnærværende i hypersalinsoda -søer , i: Front Microbiol., Bind 9 , Nr. 2359, 2018, emne: Living with Salt: Genetics and Ecology of Halophiles, doi: 10.3389 / fmicb.2018.02359 .
- ↑ C. Schleper, G. Jurgens, M. Jonuscheit M: Genomiske undersøgelser af ikke -dyrkede arkæer . I: Nat Rev Microbiol . 3, nr. 6, 2005, s. 479-88. doi : 10.1038 / nrmicro1159 . PMID 15931166 .
- ↑ J. P. Euzéby: Euryarchaeota . Liste over prokaryote navne med Standing in Nomenclature (LPSN). Hentet 9. august 2017.
- ^ Sayers: Euryarchaeota . National Center for Biotechnology Information (NCBI) taksonomidatabase. Hentet 9. august 2017.
- ^ 16S rRNA-baseret LTP-frigivelse 121 (fuldt træ) . Silva Omfattende ribosomal RNA -database . Arkiveret fra originalen 23. september 2015. Hentet 9. august 2017.
- ↑ LPSN: Euryarchaeota, ikke tildelt ordre
- ↑ a b Anja Spang, Eva F. Caceres, Thijs JG Ettema: Genomisk udforskning af mangfoldigheden, økologien og udviklingen af livets ældgamle domæne , i: Science Volume 357 No. 6351, eaaf3883, 11. august 2017, doi: 10.1126 / science.aaf3883
- ↑ Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: Den globale fordeling og evolutionære historie pT26-2 arke plasmidet familie , i: miljø mikrobiologi, sfam, 10. september 2019, doi: 10.1111 / 1462-2920.14800
- ↑ Yinzhao Wang, Gunter Wegener, Jialin Hou, Fengping Wang, Xiang Xiao. Udvidelse af anaerob alkanmetabolisme i domænet Archaea , i: Nature Microbiologyvolume 4, s. 595-602, fra 4. marts 2019, doi: 10.1038 / s41564-019-0364-2
- ↑ Fengping Wang: Bag papiret: Udvidelse anaerob alkan metabolisme i domænet af Archaea , i: Nature Microbiology (bidragyder) 4. marts 2019
- ↑ Romano Mwirichia, Intikhab Alam, Mamoon Rashid, vinu Manikandan, Wail Ba Alawi Allan Kamau, David Ngugi, Markus Goker, Hans-Peter Klenk, Vladimir Bajic, Uli Stingl: Metaboliske træk ved en uncultured archaeorganisme afstamning -MSBL1- fra saltlage pools af Det Røde Hav , i: Scientific Reports 6 (19181), januar 2016, doi: 10.1038 / srep19181
- ^ Björn Carey: Vilde ting: De mest ekstreme skabninger , på: LiveScience, 7. februar 2015
- ↑ Zhichao Zhou, Yang Liu, Karen G. Lloyd, Jie Pan, Yuchun Yang, Ji-Dong Gu, Meng Li: Genomisk og transkriptomisk indsigt i økologi og metabolisme af bentiske arkeiske kosmopolitiske, Thermoprofundales (MBG-D archaea) , i: ISME Journal, bind 13 (2019), s. 885-901, 4. december 2018, doi: 10.1038 / s41396-018-0321-8
- ↑ Julia M. Kurth, Nadine T. Smit, Stefanie Berger, Stefan Schouten, Mike S. M. Jetten, Cornelia U. Welte: Anaerob metanotrofisk arkæea af ANME-2d-kladen har lipidsammensætning, der adskiller sig fra andre ANME-arkæer , i: FEMS Mikrobiologisk økologi, bind 95, nr. Maj / juli 2019, fiz082, doi: 10.1093 / femsec / fiz082
- ↑ Luis H. Orellana, T. Ben Francis, Karen Krüger, Hanno Teeling, Marie-Caroline Müller, Bernhard M. Fuchs, Konstantinos T. Konstantinidis, Rudolf I. Amann: Nichedifferentiering blandt årligt tilbagevendende kystgruppe II Euryarchaeota . I: ISME Journal . 13, nr. 12, 2019, s. 3024-3036. doi : 10.1038 / s41396-019-0491-z . PMID 31447484 . PMC 6864105 (gratis fuld tekst).
- ↑ Se især fig. 4 i Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew B. Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata , Takashi Yoshida: Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean . I: mSphere . 2, nr. 2, 2017. doi : 10.1128 / mSphere.00359-16 . PMID 28261669 . PMC 5332604 (gratis fuld tekst).
- ↑ Alon Philosof, Natalya Yutin, José Flores-Uribe, Itai Sharon, Eugene V. Koonin, Oded Béjà: Novel Abundant Oceanic Viruses of Uncultured Marine Group II Euryarchaeota . I: Aktuel biologi . 27, nr. 9, 2017, s. 1362-1368. doi : 10.1016 / j.cub.2017.03.052 . PMID 28457865 . PMC 5434244 (gratis fuld tekst).
- ↑ Xiaomin Xia Wang Guo, Hongbin Liu: Basin Scale Variation om sammensætning af og mangfoldighed Archaea i Stillehavet . I: Grænser i mikrobiologi . 8, 2017, s. 2057. doi : 10.3389 / fmicb.2017.02057 . PMID 29109713 . PMC 5660102 (fri fuld tekst).
- ↑ Ana-Belen Martin-Cuadrado, Inmaculada Garcia-Heredia, Aitor Gonzaga Moltó, Rebeca López-Úbeda, Nikole Kimes, Purificación López-García, David Moreira, Francisco Rodriguez-Valera: En ny klasse af marine Euryarchaeota gruppe II fra Middelhavet dybt klorofyl maksimum . I: ISME Journal . 9, nr. 7, 2015, s. 1619–1634. doi : 10.1038 / ismej.2014.249 . PMID 25535935 . PMC 4478702 (gratis fuld tekst).
- ↑ NCBI: Candidatus Poseidoniales (rækkefølge)
- ^ NCBI: Marine Group III
- ^ NCBI: Marine Group IV
- ↑ Nina Dombrowski, Tom A. Williams, Jiarui Sun, Benjamin J. Woodcroft, Jun-Hoe Lee, Bui Quang Minh, Christian Rinke, Anja Spang: Undinarchaeota lyser DPANN fylogeni og virkningen af genoverførsel på arke evolution , i: Nature Communications , Bind 11, nr. 3939, 7. august 2020, doi: 10.1038 / s41467-020-17408-w
- ↑ Donovan H. Parks, Christian Rinke, Maria Chuvochina, Pierre-Alain Chaumeil, Ben J. Woodcroft, Paul N. Evans, Philip Hugenholtz, Gene W. Tyson: Genopretning af næsten 8.000 metagenome-samlede genomer udvider livets træ væsentligt , i: Nature Microbiology, bind 2, s. 1533–1542, 11. september 2017, doi: 10.1038 / s41564-017-0012-7 , med korrektion fra 12. december 2017, doi: 10.1038 / s41564-017-0083-5
- ↑ Taxonomicon: Taksonomien: Behandles phylum "Dyrkede Archaeal Række 2 (UAP2 / MHVG)"
-
^ Tidligere ubeskrevet afstamning af Archaea belyser den mikrobielle udvikling:
- Royal Netherlands Institute for Sea Research (NIOZ) , 10. august 2020
- phys.org , 10. august 2020
- ScienceDaily , 10. august 2020
- EurekAlert! , 10. august 2020