I sæsonen 2008/09 blev han nedjusteret til A-holdet af det østrigske landshold med skihop. I maj 2008 faldt han så dårligt under måttetræning i Bischofshofen, at han var bevidstløs i et par timer. Han blev skyndt til hospitalet, hvor han blev diagnosticeret med svær hjernerystelse, alvorlig lungekontusion og flere blå mærker og brækket skulder. Derefter deltog han ikke i flere verdensmesterskabskonkurrencer. I september 2010 annoncerede Pauli sin pensionering fra konkurrencedygtige sportsgrene.
I sommeren 2011 blev han hovedtræner for de hollandske skihoppere, der var ansvarlig for både kvindernes og mænds hold. I juni 2013 flyttede han tilbage til ÖSV og blev ledercoach på Innsbruck-basen.