Den 4. september 2006 tildelte den afrikanske sammenslutning Confédération Africaine de Football (CAF) Africa Cup 2014 til Libyen . Libyen ville have været vært for en Africa Cup for anden gang siden 1982. I maj 2010 besluttede CAF kun at afholde Africa Cup i ulige år, så det ikke længere finder sted i fodbold-verdensmesterskabet . 2014 Africa Cup blev derfor fremført til 2013. I juni 2011 trak CAF Libyen ud af at være vært for turneringen på grund af borgerkrigen og den dertil knyttede uklare situation. I august 2011 blev Libyen og værten for 2017-turneringen, Sydafrika, enige om at bytte værtsrettigheder.
Den 24. september 2010 meddelte CAF, at kvalifikationen ville finde sted uafhængigt af kvalifikationen til verdensmesterskabet i 2014. På grund af tidsbegrænsninger blev deltagerne i den sidste runde af Africa Cup 2013 bestemt i tre knockout-runder. I en første udvælgelsesrunde konkurrerede de lavest placerede hold på FIFAs verdensrangliste mod hinanden for at reducere banen til 44 hold. Mellem 15. januar 2012 og 15. februar 2012 konkurrerede 28 hold, der ikke var deltagere i African Cup of Nations 2012. Disse spillede 14 vindere i første og anden omgang, som igen konkurrerede i en tredje kvalifikationsrunde mod de 16 deltagere i Africa Cup 2012. Vinderne kvalificerede sig til finalen sammen med værter i Sydafrika.
Gruppetrekningen fandt sted den 24. oktober 2012. De 16 deltagende hold blev opdelt i fire gryder. Vært Sydafrika blev sat som leder af gruppe A, forsvarende mester Zambia som leder af gruppe C. De øvrige 14 hold blev klassificeret efter deres præstationer i de foregående tre kontinentale turneringer i henhold til følgende punktsystem:
Pointene til 2012-turneringen blev vejet tre gange, for 2010 to gange og for 2008 en gang.
Gryde 1
Gryde 2
Gryde 3
Gryde 4
SydafrikaSydafrika (som værter indstillet til A1) Zambia (som forsvarende mester indstillet til C1) Ghana (22 point) Elfenbenskysten (22 point) Zambia Ghana Elfenbenskysten
Med undtagelse af kampens sidste dag fandt gruppekampene sted som en del af dobbeltbegivenheder. Alle oplysninger i lokal tid ( UTC + 2 ); svarer til Centraleuropæisk tid (CET) + 1 time.
Kampene i den sidste runde blev spillet i knockout-systemet . Hvis der var uafgjort efter den normale spilletid på 90 minutter, ville der være to ekstra gange på 15 minutter, og hvis der stadig ikke var nogen vinder efter afslutningen af forlænget tid, en straffesparkkonkurrence .
I gruppespillet mellem Algeriet og Togo bøjede den algeriske Adlène Guedioura et målstolpe for Togo-målet i det 89. minut, da det løb i målnettet . Derefter skulle målet udskiftes, hvilket førte til 13 minutters standsningstid. Denne situation har en vis lighed med tørvefaldet i Madrid .
I gruppespillet mellem Etiopien og Nigeria så den etiopiske målmand Sisay Bancha det gule og røde kort efter en forseelse i feltet i det 89. minut. Da den etiopiske udvekslingskontingent var opbrugt, stod feltspilleren Addis Hintsa Tekle i porten. Til dette var der dog ingen målmandstrøje, så en trøje måtte limes. Resultatet var otte minutters standsningstid. Addis var ude af stand til at redde den efterfølgende straf for at gøre det 2-0 for Nigeria.